新鮮杞子摘下來後，普遍會經過浸鹹水處理，以破壞杞子天然蠟質保護層，好讓水分蒸發，再透過天然曬乾或熱風烘乾方式處理。
杞子沒有了天然保護層，特別容易變壞，加上杞子對陽光、濕度都很敏感，儲存起來較為困難，一些商販為了方便儲存和確保杞子品質，便會透過燃燒硫磺產生的二氧化硫（SO₂）氣體來「燻蒸」杞子，讓杞子乾果顏色保持鮮豔、防止病蟲感染。
少量二氧化硫進入人體後會隨尿液排出，對健康無害；然而攝入過量則可能引致氣喘、頭痛、噁心等反應。如懷疑杞子含有硫磺，食用前清洗和浸泡，由於二氧化硫可溶於水，可有效降低其殘留量。
